豆科牧草丝核菌根腐病病原为半知菌亚门的立枯丝核菌。成熟菌丝体呈褐色，粗，有隔膜，直角或近直角分枝，离分枝不远处有一横隔，分枝基部稍缢缩。在腐烂组织偶见菌核。菌核形状不规则，小形，肉眼可见，褐色至黑色。
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