（1） 农业防治：结合苗圃和果园的栽培管理，掌握在菟丝子种子萌发期前进行中耕除草，将种子深埋在3厘米以下的土壤中，使其难以萌芽出土。
（2） 人工防治：春末夏初，常检查苗圃和果园，一旦发现菟丝子幼苗，应及时拔除烧毁。每年510月份，常巡视果园，或结合修剪，剪除有菟丝子寄生的枝条，或将藤茎拔除干净。
（3） 药剂防治：对有菟丝子发生较普遍的果园和高大的果株，一般于5～10月，酌情喷药1～2次。有效的药剂有：10％草甘磷水剂400～600倍液加0.3％～0.5％硫酸铵，或48％地乐胺乳油600～800倍液加0.3％～0.5％硫酸铵。
（4） 注意事项：严禁将菟丝子的藤茎抛撒到果树上。果树新梢嫩叶期、开花结果期不能喷药，以免产生药害。
大豆菟丝子的防治：一是使用不带菟丝子的种子，带有菟丝子种子的大豆种子，可以通过精选，筛除菟丝子种子；二是豆田与其它非寄主作物轮作，年限在5年以上；三是深翻豆田，把散落在土表的菟丝子种子埋入深土中，阻止其发芽。四是割除和烧毁菟丝子，五是药剂防治：大豆播后芽前，每亩用45%敌草腈可湿性粉剂150克、或30%毒草胺乳剂1~1.5公斤，拌入细土15公斤，均匀撒于地表，也可用鲁保1号菌剂防治豆田菟丝子，按每克药含孢子30亿以上的菌粉，亩用0.25 -0.4公斤，应用时菌剂先用水浸泡，而后过滤稀释，亩用稀释菌液100公斤，均匀喷于大豆和菟丝子上。
（1）每亩用48％拉索乳油（甲草胺）200毫升，兑水40公斤，在大豆播种后出苗前喷雾。或者在大豆出苗后，菟丝子侵染初期，每亩用48％拉索乳油250毫升加水25公斤喷雾。宜在泥土墒情好时施。
（2）用生物农药“鲁保1号”菌剂在菟丝子幼苗期喷雾防除。每亩用每克含活孢子15亿的“鲁保1号”菌剂500—800克，加水100公斤、洗衣粉100克，混匀后喷雾。5—7天防治一次，共防治2—3次。施药作业宜在阴天或黄昏进行，免得活孢子被紫外线杀死。喷药前把菟丝子茎挑断，有利于提高防效。