小麦条锈病的病原为条形柄锈菌(小麦专化型)，属担子菌亚门真菌。菌丝丝状，该菌致病性有生理分化现象，我国已发现29个生理小种，分别为条中1—29号，条锈菌生理小种很易产生变异，1950年以后已出现过5次优势小种的改变。
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