炭疽病病原物无性态为棉刺盘孢菌( Colletotrichum gossypii Soutllw.),半知菌亚门刺盘孢属；有性态为棉小丛壳菌[ Glomerella gossypii (Southw．)Edg．]，子囊菌亚门小丛壳属。
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