1.农业措施：合理施肥，增施有机肥；带上定植，提高盖膜质量，使膜紧贴地面，避免杂草滋生；适期使用黑色地膜覆盖，将出土的子囊盘阻断在膜下；及时摘除病叶或拔除病株深埋。
2.药剂防治：发病初期喷洒70%甲基硫菌灵可湿性粉剂700倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，或40%菌核净可湿性粉剂500倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液，隔7天1次，连续防治三四次。
生菜菌核病症状：在茎叶上产生褐色病斑，在高湿条件下，随着病情发展，病部表面长出大量白色棉絮状菌丝体，严重时烂根烂茎植株枯死，后期产生黑色菌核。生菜菌核病最适宜的发病温度为20℃左右，空气相对湿度为85%以上。
防治：①清除棚内病株，防止病原菌再次侵染。 ②加强排湿，降低空气湿度。 ③药剂防治。常用药剂有速克灵、菌核净、多霉威、多硫悬浮剂；为了防止空气湿度加大，最好采用粉尘剂或烟雾剂，例如百腐、速克灵烟剂等。