(1)抗生素类：常用的有土霉素、青霉素、强力霉素、金霉素、甲砜霉素、氟苯尼考等。
(2)磺胺类：有磺胺嘧啶、磺胺甲基嘧啶、磺胺间甲氧嘧啶、甲氧苄氨嘧啶等。磺胺类药物在鳗鱼饲料添加剂中已禁止使用。
(3)喹诺酮类：有氟哌酸(诺氟沙星)、氟嗪酸(氧氟沙星)、吡哌酸、恶喹酸、萘啶酸等。此类药物抗菌效果普遍较好，具有抗菌范围广、杀菌能力强等优点，是防治水产动物细菌病的有效药物。
呋喃唑酮在抗菌类药物中，抗生素类中的红霉素、氯霉素、泰乐菌素、杆菌肽锌已被禁止用于鱼病防治及作为饲料药物添加剂。磺胺类中的磺胺噻唑(消治龙)、磺胺咪(磺胺呱)被禁用。喹诺酮类中的环丙沙星已被禁用，恩诺沙星药残已作为限制鳗鱼出口日本的一主要因子。另一类抗菌药物硝基呋喃类中的呋喃唑酮(商品名为痢特灵)、呋喃西林(又名呋喃新)、呋喃它酮、呋喃那斯也已被禁用。养殖户在生产过程中可用其它抗菌药物代替。