对基质安全质量的要求包括水、主料、辅料和添加剂四类，双孢蘑菇、鸡腿菇等还包括对土的要求。
要使用符合生活饮用水标准的水，工业废水、污水、河水、河塘水都不可使用。有的山区没有自来水，但是，当地的山泉水非常干净，经有关部门检验符合生活饮用水标准，是可以使用的。
主料不可使用桉、樟、槐、苦楝等含有有害物质树种的木屑；主料和辅料都不能使用产自污染农田的材料。
添加剂要尽可能少使用，切勿过多。必须使用时一定要成分清楚，做到不使用成分不明的混合添加剂、植物生长调节剂和抗生素。
双孢蘑菇、鸡腿菇出菇需要覆土，不能从污染农田取土作覆土材料。
按照国家规定，禁用农药有甲胺磷、对硫磷（一六○五）、甲基对硫磷（甲基一六○五）、久效磷、磷胺、甲拌磷（三九一一）、甲基异硫磷、特丁硫磷、甲基硫环磷、治螟磷、内吸磷、克百威（呋喃丹）、涕灭威、灭线磷、硫环磷、蝇毒磷、地虫硫磷、氯唑磷、苯线磷等19种。食用菌在我国主要作蔬菜食用，专用农药较少，多年来基本参照蔬菜使用的各类农药，因此凡是不得在蔬菜生产中使用的剧毒和高毒农药也不得在培养基质中加入，这些农药包括苏化203、一○五九、杀螟威、甲胺磷、异丙磷、三硫磷、氧化乐果、磷化锌、磷化铝、氰化物、氟乙酰胺、砒霜、杀虫脒、西力生、赛力散、溃疡净、氯化苦、五氯酚钠、二氯溴丙烷、四○一等。熟料栽培的种类基质中不允许加入任何杀虫剂和杀菌剂。生料和发酵料栽培的种类也只能使用高效、低毒、低残留的种类，如多菌灵等。