萝卜尽量避免与其他十字花科作物连作，或用甲基托布津、敌克松等进行土壤处理。同时，培育壮苗，增加抗病能力。
在萝卜黑胫病发生初期及时喷施药剂防治，药剂可用65%代森锌500~600倍液或50%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液喷洒。
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