大棚内温度、湿度较大，适宜病原生物繁殖和害虫越冬，经过两年以上生产后，病虫害的种类繁多，而且逐年家中。另外，土壤、植物本身的残枝落叶和大棚骨架是多种病虫害传播媒介和反正、越冬场所。因此，必须对大棚进行消毒。
（1）棚室消毒 一般在大棚下茬作物播种和定植前2~3天进行全面清理，出去残株落叶。室内消毒雨般采用硫磺熏烟法，密闭大棚数日后择晴天进行，每立方米空间是硫磺4克、锯木8克，于晚上7时，每隔2米距离堆放锯木，摊平后撒一层硫磺粉，导入少量酒精，逐个点燃，24小时后要防风排烟。此消毒效果好，成本很低，取材方便。
也可用百菌清等烟剂消毒，每隔7~10天烟熏1次，连续3次以上，效果显著。方法是清理田园后样密闭即可烟熏。可用45%百利烟剂或百菌清和腐霉剂混合烟剂对灰霉病为主的病害防效显著。烟熏剂的用药量为每立方米空间0.2~0.3克。每亩面积，30%腐霉利熏剂用量为300~500克，45%百菌清烟剂为200~250克，均匀放置后，分别点燃，随即密闭烟熏2~3小时。
在夏季高温季节，可用高温闷棚法。将大棚全部封闭，利用太阳能和棚内高温进行室内消毒，密封暴晒15~20天，5~10厘米深土壤温度可达40~60度，最高土温能达50~70度。
（2）大棚骨架及辅助设施消毒 对大棚骨架、营养钵到呢个育苗器具、生产工具等，可用1%~2%甲醛水溶液均匀喷洒或洗刷后密封消毒；或用浓度为30毫克每升的敌黄钠消毒。
（3）土壤消毒 以土壤传播侵染的病害有黄萎病、青枯病、枯萎病等。防治这些病害，可在定植前半个月，沿畦沟浇甲醛100~200倍液，然后用聚乙烯薄膜覆盖并密封5天。一周后，待药剂全部挥发后方可定植。也可用50%的多菌灵、50%流菌灵、75%敌黄钠的1000倍液，10%混合氨基酸络合物、络氨铜~锌的300倍液浇洒土壤。
对疫病、霜霉病比较严重的棚室，可用0.5千克的硫酸铜对水100~150千克浇洒土壤。
大棚消毒的主要目的是；杀灭危害植株的有害微生物，如地下害虫及其他害虫的虫卵，越冬蛹，病害的越冬菌源，如菌丝体、越冬孢子等。减轻后期发病和虫危害。
1、土壤消毒（太阳能消毒方法）
在7、8月份利用太阳直射时间长温度高来进行土壤消毒。为提高灭菌效果，还可于曝晒前在土壤中施药。
2、大水漫灌 将土壤翻耕敲碎、耙平，然后往棚内灌水，使大棚土壤中的病菌、细菌处于无繁殖条件状态，杀死镰刀菌、子囊菌等病菌。同时大水漫灌后有利于有机体腐化，改善床土理化性状，协调土壤水、肥、气、热等因子。
3、棚室消毒 在播种或定植前7～10天，每立方米空间用硫磺4克、锯末8克混匀，放在容器内燃烧，一般在晚上进行，熏烟密闭24小时。也可以按每立方米用25％百菌清l克、锯末8克混匀，点燃熏烟消毒。
4、温室、大棚骨架 辅助设施消毒对大棚骨架、营养钵等育苗器具、生产工具等，可用1％～2％福尔马林溶液均匀喷洒或洗刷后密闭消毒。