常见的有立枯病、炭疽病、锈病及金针虫、地老虎等病虫害，如有发生应及时防治。首先是虫害的防治：在播前春耕地时辛硫磷拌于农家肥中，每亩用辛硫磷0.5公斤，也可每亩用0.2公斤甲基异硫磷拌细土20公斤撒入田间，防治地下害虫。胡麻苗期如有虫害发生，应及早喷药防治。其次是病害的防治：胡麻苗期主要有立枯病、炭疽病、萎蔫病，播种前用种子重量0.2%的50%的福美双可湿性粉剂拌种，发病期可喷施65%的杀毒矾800～1000倍液，每隔7一10天喷施一次，一般喷施2～3次。如有锈病发生，可用20%萎锈灵乳剂500倍液或80%代森锰锌可湿性粉剂600～800倍液喷雾防治。白粉病发病初期喷50%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，防治效果明显。