畜禽遗传资源是培育新品种和配套系、保护生物多样性的物质基础，是畜牧业可持续健康发展的重要物质基础，是重要的生物资源。为了更有效地保护饲养者的利益，畜牧法明确规定畜禽遗传资源以国家保护为主的方针，通过一系列保护措施保护我国的畜禽遗传资源。主要内容:
一是在制度上做了规定，要建立畜禽遗传资源保护制度、畜禽遗传资源调查制度、国家畜禽遗传资源状况报告定期发布制度、全国畜禽遗传资源保护规划和保护名录，畜禽遗传资源的鉴定、评估制度等。
二是对中央政府和地方政府在畜禽遗传资源保护工作中各自的责任做了具体的界定。设立国家畜禽遗传资源委员会，主要负责畜禽遗传资源的鉴定和新品种、配套系的审定工作；国务院畜牧兽医行政主管部门和省级人民政府畜牧兽医行政主管部门分别制定畜禽遗传资源保护名录、建立或者确定畜禽遗传资源保种场、保护区和基因库等。
三是为了保护国内畜禽遗传资源和生态环境不受外来危害和防止畜禽遗传资源流失，对畜禽遗传资源进出境管理上做出了明确规定。境外的机构、个人取得原生我国的畜禽遗传资源必须经有关部门批准。