绿色食品最终产品必须由中国绿色食品发展中心指定的食品监测部门依据绿色食品卫生标准检测合格，绿色食品卫生标准参照有关国家、部门、行业标准制定，通常高于或等同现行标准，有些还增加了检测项目。绿色食品卫生标准一般分为三部分：农药残留、有害重金属和细菌等。农药残留通过检测杀螟硫磷、倍硫磷、敌敌畏、乐果、马拉硫磷、对硫磷、666、DDT、二氧化硫等物质的含量来衡量；细菌通过检测大肠杆菌和致病菌等来衡量，另外，有些产品的卫生标准中还包括黄曲霉毒素和溶剂残留量等。
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