预防
第一，加强饲养管理，羊圈舍的周围尽可能减少犬的饲养，不给羊饲喂犬类污染过的饲料，更不能与犬同食。第二，狗要拴系饲养，不能放开或混入羊群，平时对狗粪便集中进行生物热发酵处理。第三，不要让狗吃患有脑包虫的羊脑、脏器，定期给狗驱虫。牧羊犬应该做到每年春秋定期用氢溴酸槟榔碱2-3mg/kg剂量口服驱虫。第五，死于该病的羊头和手术摘除的虫体要深埋或烧毁，防止犬食。第六，每年的二月、7月下旬和12月下旬用吡喹酮70～8Omg／kg剂量对羊进行预防性驱虫。
治疗
该病最有效的治疗方法是进行手术治疗。寄生头部前脑表面的虫体可施行手术摘除。
首先将羊横卧保定，术部剪毛、消毒，先用2%碘酒消毒，再用75%酒精脱碘，分点注射盐酸普鲁卡因。麻醉2—3分钟后，在骨质变软的部位作U字形或十字切口，切透皮肤及皮下组织，不切破骨膜，分离皮瓣将它翻过用线加以固定，切口长宽均为2厘米，注意切口应在低处以便止血。露出颅骨，先用骨钻将头骨钻一小孔以作支撑，用圆锯在骨质上开一小孔，用力均匀，使脑膜暴露，不损伤骨膜。确定包囊位置后，用注射针头避开血管刺入脑膜，发现有液体向外流出，然后连接注射器后抽动活塞，尽量吸取囊泡，直至吸尽后慢慢小心拉出包囊。包囊取出后，用止血纱布压迫手术部位，滴入少量青霉素，把骨膜拉平，遮盖圆锯孔。结节缝合皮肤，涂擦磺胺软膏，最后用碘酒消毒。手术后由专人保护羊的头部，以免发生振动。
术后用甘露醇250毫升做一次静脉注射，降低颅内压。10%葡萄糖250毫升、生理盐水250毫升加抗菌素连用三天，避免感染。喂食有营养易消化的饲草和高蛋白质精料，以促进伤口愈合和体质恢复。术后第二天，病羊视力逐渐恢复，白膜消失，其他症状也明显好转。第三天出现采食、反刍，一周后基本恢复正常。
总之，手术过程中要严格遵守无菌操作，尽量避免损伤血管。羊脑包虫手术比较复杂，头皮多采用十字型切口，以便血液畅通，促进损伤组织快速愈合。手术用圆切锯开颅骨时应千万小心，因颅骨特别薄，可能损伤脑膜。拉取包囊或吸取液体时切忌弄破，以免造成再次感染。寄生在小脑深部包囊难以取出，必须先将囊液吸干后再拉，取不出可直接注入包囊内3毫升吡喹酮杀死囊幼，或注入95%的酒精7-8毫升也可杀死虫体。无论哪种方法都应避免引起脑组织损伤。
多数病羊手术台后无多大异常，但表现疼痛症状，个别的病羊可会表现出运动不协调、背脖或乱走，过一两天即可恢复正常，精心护理一周后，待其症状完全消失，便能同健康羊一同出牧。
寄生在后脑及深部的脑包虫体难以实施手术治疗，目前一般以吡喹酮口服治疗,病羊按50～70毫克/公斤给药，连用3天，治愈率可达80%。
新的治疗方法：在病羊头部额顶叶部位或骨组织较软的部位，剪毛消毒，先用12号针头刺穿软组织，后用9号针头缓慢刺入脑组织内，一边刺一边观看针管内有无液体，若针管内有液体，则证明刺入了多头勤包囊内，然后将针管和针头分离，再用另一支注射器将左旋
咪哇药液注入包囊内即可。用药量，大羊0.6g，小羊0.2-0.4g，溶水10ml。