以厚垣孢子在土壤中被害的残体上越冬，随下一年的栽培传播。
芋头枯萎病的病原以厚垣孢子在土壤中被害的残体上存活或越冬。种球内越冬的病原随第2年栽芋引起发病，球茎中母芋带菌率高，子芋次之，孙芋最低。该病不仅在田间侵染蔓延，贮运期间也可扩展。
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