（1）免疫反应抑制。仔猪在断奶之前本身抗体数量少，一旦断奶后，其母源抗体来源终断，而自身免疫系统不健全，抵抗力弱，细胞免疫受到抑制，因此容易发生腹泻。
（2）消化酶不足或活性较低。仔猪消化道内的消化酶数量和活性是随着仔猪的成长不断增多的，但是在仔猪断奶时，其消化系统还不够成熟，无法分泌足量的消化酶，无法将饲料中的蛋白质和碳水化合物消化掉，再加上断奶应激反应又进一步降低了酶的水平，故对仔猪的消化功能带来影响，引发腹泻。
（3）病原性因素。仔猪感染某些细菌（魏氏梭菌、大肠杆菌等）、病毒（猪流行性腹泻病毒、胃肠炎病毒、轮状病毒等）、寄生虫（兰氏类圆线虫、球虫等）均能导致腹泻。
（4）胃肠道内微生物菌群改变。通常情况下，当仔猪胃肠道中的pH值低于4时，才有助于蛋白质的消化，才能让肠道内大量的病原菌失去活性。但是早期仔猪断奶因为乳糖消失，乳酸的来源中断，胃底细胞分泌盐酸的能力较差，无法调节肠胃道中的pH值。并且随着饲料中蛋白质、无机盐与酸结合，引起胃肠内的pH值升高，导致蛋白质无法被有效地消化和吸收，进而引发仔猪胃肠道内的微生物菌群失衡，为病原微生物的附着、增殖，以及产生毒素提供了条件。
（5）喂养不当及饲料方面的原因。仔猪断奶后过度限饲或者饲喂，容易引发仔猪饥饿性和过食性腹泻。另外饲料中油脂含量过高，会导致仔猪食用后不能消化而腹泻。霉变的饲料中含有大量的毒素，也会引起仔猪消化机能紊乱从而导致腹泻。