生长在海拔60-1800米的池沼、湖泊、沟渠、稻田、河流或河口的平稳水域。水深为20-100厘米,其根和横走的根茎生长于底泥中;茎枝悬于水中,生出大量的不定根;叶和花漂浮水面。水涸后,其茎枝可在泥面匍匐生根,向四周蔓延生长。通常群生呈单优势群落。莕菜适生于多腐殖质的微酸性至中型的底泥和富营养的水域中,土壤pH值为5.5-7.0.经常与它混生的水生植物有菹草、轮藻、金鱼藻、浮萍、紫萍、细绿萍、菱、苦草和菖蒲等。
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