病毒病是青椒的重要病害，会造成落叶、落花和落果。主要表现为花叶黄化、坏死和畸形。具体的防治措施是：首先进行种子消毒，可用10%磷酸三钠溶液浸种20-30分钟，冲洗干净后催芽；其加强防治蚜虫，减少病毒传播；第三采用药剂防治，可用0.1%-0.2%硫酸锌液，或20%病毒A500倍液，或1.5%病毒灵1000倍液，或NS-83增抗罚100倍液，或抗毒剂1号200-300倍液，在苗期、定植后和开花期、盛果期喷洒植株。
防治方法：生产中选用抗病品种，如中国风青春、中国风.凌云、中国风.阳光无限等。清洁田园，避免重茬，可与葱蒜类、豆科和十字花科蔬菜进行3-4年轮作。利用银灰色膜避蚜、黄板诱蚜。
药剂防治，药剂有：①毒克星，又名病毒A或20%盐酸吗啉胍铜可湿性粉剂，用来防治番茄、辣椒等作物多种病毒病，用400-600倍液每7天喷洒一次，连喷3-4次；温室诱蚜黄板。②每667米2用15%植病灵60-120毫升加水喷雾，每7天喷一次，共喷3-4次；③83增抗剂，辣椒定植前和定植后，每667米2用83增抗剂600-1000毫升加水喷雾，每7天喷一次，共喷3-4次；④当田间发生蚜虫时，用40%的乐果乳油1000倍液或50%的抗蚜威可湿性粉剂4000倍液进行防治。培育壮苗，覆盖地膜，适时定植，加强水肥管理，增强植株抗病能力。