未腐熟的有机肥往往含有大量的病菌虫卵，会引起果树根系病虫害，而且还会污染环境；未腐熟的有机肥养分多呈有机态，不易果树吸收，会造成肥料损失；有机肥在土壤中经过微生物分解和发酵，产生大量热量，易烧伤果树的毛细根，同时会吸收大量氮素，造成果树短期缺氧；有机肥在土壤中经过微生物分解和发酵中，会造成肥效滞后，与果蔬生长节奏和需肥时期难以一致，起不到施肥目的从而造成不利影响。
必须使用人工菌种加快秸秆和粪尿的腐熟进程，这也是堆肥快速腐熟剂出现的科学合理的一面。
发热烧根，吸收土壤中氮素，发生地下害虫等
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