擅自捕捞国家二类以上保护鱼类有哪个部门处罚？依据有哪些？

渔政部门。

量刑要看情节是否严重，不严重的话一般不会判刑，只会罚款。

刑法第341条第1款规定：“非法猎捕、杀害国家重点保护的珍贵、濒危野生动物的，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；情节严重的，处5 年以上10 年以下有期徒刑，并处罚金；情节特别严重的,处10年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。”

至于情节是否严重的判定比较复杂，具体可以参照：《最高人民法院关于审理破坏野生动物资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》。