1.在发菌期要经常观察菌丝长势及菌丝吃料的快慢程度，发现问题及时处理，以免延误治疗的最佳时期，造成虫害杂菌蔓延，从而降低产量。如果培养料过干或过湿都会造成菌丝不吃料或退菌。过干可向空中喷水加大空气湿度，如培养料过湿可采取反打钎或撬料并加大通风。
2.要时常注意观察料温的变化，料温高于30℃要采取打洞和压实料面的措施，也可在夜间通风。还要防止料内氨气过重，抑制菌丝正常生长，如果料内氨气重就要采取钎，并顶松培养料的措施，同在地面墙壁过道等处喷洒2%的甲醛溶液中和。如果料内氨味确实过重，已造成菌丝萎缩无法挽救，这时就要把料再重新蒸一遍，再进行补种。
3.发现杂菌虫害要及时处理，该打药的打药，该挖除的挖除。如遇螨害，一定不要大意，要及时治疗，必要时用药物熏蒸。这就要求我们在前、后发酵结束后一定要注意培养料的质量问题，发现问题及时采取措施，尽可能避免播种后出现这样那样的问题，延误治疗的最佳时机。
4.发菌1-5天，以保温保湿为主，在菌丝萌发正常的情况下不通风或少通风，促进菌丝尽早萌发定植，封锁料面。发菌6-10天，菌丝已基本封面，随着菌丝吃料的深浅，逐渐加大通风量。发菌11-18天，当菌丝吃料到料层的1/2时要及时打钎通气，同时加大通风量，增加料内氧气含量。当菌丝吃到料层的2/3以上时，准备覆土（最好长满整个料层）。