（一）病害防治
天麻的主要病害有霉菌（杂菌）感染，块茎腐烂性病。
1. 霉菌（杂菌）
（1）症状：主要在蜜环菌材和天麻块茎上发生。在菌材或天麻表面呈片状或点状分布，部分发粘并有霉菌味，菌丝白色或其他颜色。影响蜜环菌生长，破坏了天麻的营养供给。
（2）防治方法
①杂菌喜腐生生活，应选用新鲜木材培养菌材，尽可能缩短培养时间。
②种天麻的培养土要填实，不留空隙，保持适宜温度、湿度，可减少霉菌发生。
③加大蜜环菌用量，形成蜜环菌生长优势，抑制杂菌生长。
④小畦种植，有利蜜环菌和天麻生长，如感染霉菌损失较小。
2. 块茎腐烂病
（1）症状：主要为害天麻块茎。染病块茎皮部萎黄、中心腐烂、有异臭。有的块茎内充满了黄白色或棕红色的蜜环菌索。染病块茎有的呈现紫褐色，有的手捏之后渗出白色浆状浓液。
（2）防治方法：选地势较高，不积水，土壤疏松，透气性好的地方种植天麻；加强窖场管理，做好防旱、防涝，保持窖内湿度稳定，提供蜜环菌生长的最佳条件，以抑制杂菌生长；选择完整、无破伤、色鲜的初生块茎作种源，采挖和运输时不要碰伤和日晒；用干净、无杂菌的腐殖质土、树叶、锯屑等做培养料、并填满、填实、不留空隙。
（二）虫害防治
主要有蛴螬、蚧壳虫
1. 蛴螬
（1）为害征状：蛴螬在地下将天麻咬食成空洞，并在菌材上蛀洞越冬，毁坏菌材。
（2）防治方法
①设置黑光灯诱杀成虫。
②栽种天麻和天麻收获时，捕杀幼虫。
2. 蚧壳虫
（1）为害征状：粉蚧群集天麻块茎及菌材上，使天麻块茎生长停滞，瘦小。
（2）防治方法：天麻生长在土中防治不便，可在天麻收获时进行捕杀，将严重危害的菌材烧毁。