魔芋的根由不定根组成。魔芋种球茎栽种半月后，最先发生的是根。在种球茎顶端生长点的一些薄壁分生细胞发生分裂，分化出根冠和原形成层。根冠向外伸长，形成肉质弦状不定根，其上发生须根及毛根，须根与弦状根基本成直角，弦状根顶端有少数分枝。魔芋种球茎的顶芽萌芽时，其基部（即种球茎的顶部）开始形成新球茎，所以这些弦状根也就集中在新球茎的颈部及肩部。
魔芋的根为浅根系。弦状根长约30厘米，最长可达1米，呈水平状分布于土表下10厘米左右处。生长期中，根系不断代谢，老根枯死，新根继续发生，7月以后新根逐渐减少。从7月上旬起，随着根状茎的发育，其周围也开始新根，数目急剧增长，但比前期发生的弦状根更为细小且伸长慢，其上的须根也少。此外，从生长旺盛的根状茎节上也可发根。8月中旬以后，根的生长显著减弱，球茎接近成熟时，弦状根首先衰退，在近球茎端转为褐色而枯萎，接着须根也开始枯萎，弦状根基部形成离层与球茎脱离。
魔芋与芋不同，其弦状根分枝少，且没有“破坏性”细胞间隙，根内空气通道狭小，土壤含水量、通气性和土温变化等对根的生长都有直接影响。
在实际的生产上就要保护魔芋植株的根尽量少受到伤害，特别是在除草、追肥等农事操作的过程中，要尤为注意，这主要是魔芋防病的需要
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