民专业合作社与村“两委”（村党支部、村民委员会）、农村专业技术协会、行业协会等相关组织既有联系又有区别。
农民专业合作社与村“两委”的显著区别在于，农民专业合作社是经济组织，而村“两委”都不是经济组织。正确处理农民专业合作社与村“两委”的关系，需要按照党政分开、政企分开的原则，做到各司其职。村“两委”要在尊重农民专业合作社的自主权、不干预农民专业合作社的生产经营活动的前提下，承担起支持农民专业合作社发展的职责，解决农民专业合作社发展中遇到的困难。成立党组织的农民专业合作社，其生产经营与管理仍由成员大会（成员代表大会）、理事会、监事会等组织机构负责；农民专业合作社的党组织主要是充分发挥党员的先锋模范作用，团结、组织党内外的干部和群众，促进农民专业合作社的健康发展。
农民专业合作社与农产品行业协会、农村专业技术协会的显著区别在于，农民专业合作社是经营性实体，在工商部门登记，而农产品行业协会和农村专业技术协会不是经营性实体，属于社团法人，在民政部门登记。