《农民专业合作社法》立法中有过哪些争议问题？

存在争议：1、名称：一审稿称《农民专业合作经济组织法》；第二次提交全国人大常委会第23次会议审议后该法被更名为《农民专业合作社法》。

2、主管部门：农业部和中华合作供销总社存在争议；在《农民专业合作经济组织法》一审稿中，具体的表述为：“各级政府应当组织有关部门依照本法规定及各自职责，对农民专业合作经济组织进行指导、扶持和服务。”二审稿《农民专业合作社法》明确提出：“县级以上各级人民政府应当组织农业行政主管部门和其他有关部门及其他组织”对农民专业合作社“给予指导、扶持和服务”。