大葱在育苗期间，最容易发生猝倒病，这与土壤、种子以及管理水平有直接关系。首先,苗床应选择3年内未种过葱蒜类的土质育苗,疏松肥沃、地势平坦、排灌方便的沙壤土最好。大葱生长适宜的pH值为7.0~7.4，当土壤pH在5以下，不利于大葱苗期生长。
种子消毒是防治苗床病害的有效手段,可用0.2%高锰酸钾溶液浸种25分钟,再用清水冲净,可杀死种子表面的病原菌；也可用干净的纱布把种子包好,放在50℃的温水中浸泡30分钟。浸泡时要不断摇动,使种子受热均匀。浸泡结束后,随即用清水洗一遍,再放在20~30℃的水中泡2小时,捞出后即可播种。
阴天或雨天容易发生霜霉病或疫病，主要表现症状是干尖黄叶，为防病害发生，可直接用美国普利登液体有机肥喷淋苗床和喷施葱苗，5天一次，连喷2~3次。对发病较重的，用美国普利登液体有机肥200倍液 72.2%霜霉威（72.2%普力克）水剂600倍液或恶霉灵800倍液喷淋根部，连续使用2~3次，可控制病情。