主要在穗部发病,病穗比健穗较早抽出。最初病小穗外面包一层灰色薄膜,成熟后破裂,散出黑粉(病菌的厚垣孢子),黑粉吹散后,只残留裸露的穗轴。病穗上的小穗全部被毁或部分被毁,仅上部残留阔数健穗。一般主茎、分蘖都出现病穗,但在抗病品种上有的分蘖不发病。小麦同时受腥黑穗病菌和散黑穗病菌侵染时,病穗上部表出腥黑穗,下部为散黑穗。散黑穗病菌偶尔也侵害叶片和茎秆,在其上长出条状黑色孢子堆。
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