南方水稻黑条矮缩病主要症状表现为：分蘖增加，叶片短阔、僵直，叶色深绿，叶背的叶脉和茎秆上现初蜡白色，后变褐色的短条瘤状隆起，不抽穗或穗小，结实不良，不同生育期染病后的症状略有差异。苗期发病，心叶生长缓慢，叶片短宽、僵直、浓绿，叶脉有不规则蜡白色瘤状突起，后变黑褐色。根短小，植株矮小，不抽穗，常提早枯死。分蘖期发病，新生分蘖先显症，主茎和早期分蘖尚能抽出短小病穗，但病穗缩藏于叶鞘内。拔节期发病，剑叶短阔，穗颈短缩，结实率低。叶背和茎秆上有短条状瘤突。
水稻发病后典型表现为植株矮缩、叶色深绿、叶背及茎秆出现条状乳白色或蜡白色，后变深褐色小突起、高位分蘖及茎节部倒生气须根、不抽穗或穗小，结实不良。剑叶或上部叶片可见凹凸的皱折，一蔸中有1根或几根稻株比健株矮1/3左右，半全穗。
1、典型症状
（1）发病稻株叶色深绿，上部叶的叶面可见凹凸不平的皱折(多见于叶片基部）。
（2）病株地上数节节部有倒生须根及高节位分枝；病株茎秆表面有乳白色大小约1～2 mm的瘤状突起（手摸有明显粗糙感），瘤突呈蜡点状纵向排列成条形，早期乳白色，后期褐黑色；病瘤产生的节位，因感病时期不同而异，早期感病稻株，病瘤产生在下位节，感病时期越晚，病瘤产生的节位越高。
2、秧苗期症状
病株颜色深绿，心叶生长缓慢，叶片短小而僵直、浓绿，叶脉有不规则蜡白色瘤状突起，后变黑褐色。叶枕间距缩短，其叶鞘被包裹在下叶鞘里，植株矮小（不及正常株的1/3），后期不能抽穗，常提早枯死。 3、分蘖期症状
病株分蘖增多丛生，上部数片叶的叶枕重叠，心叶破下叶叶鞘而出或从下叶枕口呈螺旋状伸出，叶片短而僵直，叶尖略有扭曲畸形。植株矮小，主茎及早生分蘖尚能抽穗，但穗头难以结实，或包穗，或穗小，似侏儒病。
4、抽穗期症状
全株矮缩丛生，有的能抽穗，但相对抽穗迟而小、实粒少、粒重轻，半包在叶鞘里，剑叶短小僵直；在中上部叶片基部可见纵向皱褶；在茎秆下部节间和节上可见蜡白色或黑褐色隆起的短条脉肿。