蜜蜂孢子虫病仅危害蜜蜂成蜂，对幼虫和蛹都不致病。患病蜜蜂是此病传播的根源。病蜂体内孢子虫随粪便排出体外，污染巢脾、蜂蜜、蜂箱，蜂具和场地、水池等；当健康蜜蜂在吸取蜂蜜等食料或健康蜜蜂与病蜜蜂互相喂食时，孢子虫的孢子通过健康蜂的口器进入中肠，形成孢子虫。孢子虫在中肠上皮细胞内进行繁殖、经几个发育阶段又形成很多孢子，孢子随粪便排出体外，并继续传播蔓延。
蜂群间的传播，通常由迷巢蜂和盗蜂引起。将病群的蜂合并到健康群，或用病群中的饲料喂健康蜂，或将病群用过的巢脾蜂箱等未消毒就给健康群使用都能造成蜂群间的传播。
蜜蜂孢子虫病虽一年四季都可发生，但以早春最为多发，晚秋次之，夏季和秋季则发病较少。