1、充分干燥：长期安全储藏的大豆水分含量须在12%以下，如超过13%，就有霉变的危险。大豆干燥以带荚为宜，收割后摊在晒场上晒2-3天，荚壳干透有部分爆裂时再行脱粒，这样可防止种皮裂开和皱缩。大豆入库后，如水分过高，仍须进一步曝晒。在曝晒过程中，温度以不超过44 -46℃ 为宜，若在较低温度下晾晒则更为安全稳妥。晒干后，应先摊开冷却，再分批入库。
2、低温密闭：大豆由于导热性不良，在高温情况下又易引起红变，所以应低温密闭储藏。一般可趁寒冬季节将大豆转仓或出仓冷冻，使种温充分下降后，再进仓密闭储藏，最好表面再加一层压盖物。有条件的地方，可将种子存入低温库。
3、及时倒仓过风散湿：收获大豆时正值秋末冬初季节，气温逐步下降，大豆入库后，还在进行后熟作用，会释放出大量的湿热，如不及时散发，就会引起发热霉变。大豆入库3-4周后，应及时进行倒仓过风散湿，并结合过筛除杂，以防止出汗发热、霉变、红变等异常现象发生。
大豆种子贮藏期间，如管理不当，会发生发热、生霉、结露、酸败、红变等情况。为确保大豆种子安全贮藏，应做好以下几项工作：
一、清仓消毒 大豆种子入库前应将仓库内的异品种种子、杂物等全部清除，并剔除虫窝，修补墙面、门窗。清理后用烟剂熏仓消毒，消毒后须通风24小时。
二、充分干燥种子 将收获的大豆种子带荚铺晒2～3天，待荚壳干透有部分爆裂时再进行脱粒，这样可防止大豆种子种皮发生裂纹和皱缩现象。一般要求入库贮藏的大豆种子水分含量在12%以下。如超过13%，就可能发生霉变。
三、低温密闭 大豆在高温条件下易引起红变，所以应采取低温密闭的贮藏方法。一般可趁寒冬季节将大豆种子转仓或出仓冷冻，使种子温度充分下降后，再密闭贮藏，并在大豆种子表层覆盖一层旧麻袋，以防大豆种子吸湿。
四、倒仓散湿 大豆种子入库后还发生后熟作用，使种堆内湿度和温度增高，如不及时散发就会引起霉变。为了达到长期安全贮藏的要求，在大豆种子入库3～4周后，应及时进行倒仓过风散湿，并结合过筛除杂。
五、定期检查 入库初期要把温度检查列为重点，使库房温度保持在20℃以下，如温度过高时应立即通风降温。种子入库后每20天检查1次含水量，如种子含水量超出安全水分含量，就应及时翻晒。。