1、冬瓜种子在播前用10%盐水漂种2～3次，汰除菌核。或用50℃温水浸种10分钟，可杀死菌核。
2、冬瓜在定植前每公顷用20%甲基立枯磷7500克配成药土耙入土中。
3、在盛花期喷50%农利灵可湿性粉剂1000倍液，或60%防霉宝超微粉600倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液加70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，隔8～9天喷1次，连续3～4次。病情严重时，除正常喷雾外，还可把上述杀菌剂对成50倍液，涂抹在瓜蔓病部，可控制病情扩展。
4、棚室或露地出现子囊盘时，每公顷用15%腐霉利烟剂3750克，熏一夜，或50%腐霉利可湿性粉剂1500倍液喷雾。