①加强植物检疫：严禁从疫区调入蔬菜、花卉等作物。
②农业防治：在斑潜蝇为害重的地区，把斑潜蝇嗜好的瓜类、茄果类、豆类与其不为害的作物进行套种或轮作；适当疏植，增加田间通透性；在秋季和春季的保护地的通风口处设置防虫网，防止露地和棚内的虫源交换；收获后及时清洁田园，把被斑潜蝇为害作物的残体集中深埋、沤肥或烧毁。
③高温闷棚：在夏季高温换茬时将棚室密闭7～10天，昼夜不开缝，使温度高达60～70℃，杀死大量虫源，防止虫源扩散到露地。
④采用灭蝇纸诱杀成虫，在成虫始盛期至盛末期，每亩置15个诱杀点，每个点放置1张诱蝇纸诱杀成虫，3～4天更换一次。
⑤科学利用天敌：释放姬小蜂、反颚茧蜂、潜叶蜂等天敌。
⑥药剂防治：成虫羽化始盛期开始防治，药剂可选用5%卡死克乳油2 000倍液，或5%锐劲特悬浮剂1 500倍液等；在低龄幼虫始盛期防治，药剂则可选用50%潜蝇灵可湿性粉剂2 000～3 000倍液，或75%潜克可湿性粉剂5 000～8 000倍液等喷雾防治，5～7天防治1次，连续防治2～3次。若在天敌发生高峰期用药，宜选用1%杀虫素1 500倍液或0.6%灭虫灵乳油1 000倍液喷雾防治。另外，保护地内可用烟剂熏杀成虫，每亩用10%敌敌畏烟剂500克，或氰戊菊酯等其他烟剂，连续用2～3次即可见效。