什么部门负责种畜禽质量安全的监督管理工作？

是农牧业局（或畜牧局）下设的改良站负责种畜禽质量安全的监督管理工作。

根据《中华人民共和国畜牧法》的相关规定，县级以上人民政府畜牧兽医行政主管部门负责种畜禽质量安全的监督管理工作。

根据《畜牧法》第三十三条的规定，县级以上人民政府畜牧兽医行政主管部门负责种畜禽质量安全的监督管理工作。种畜禽质量安全的监督检验应当委托具有法定资质的种畜禽质量检验机构进行；所需检验费用按照国务院规定列支，不得向被检验人收取。