枯萎病菌主要在种子、病残体或土壤及粪肥中越冬。带菌种子及带菌种肥的调运成为新病区主要初侵染源,有病棉田中耕、浇水、农事操作是近距离传播的主要途径。其中棉花种子内部和外部均可携带枯萎病菌,主要是短绒带菌,硫酸脱绒后,带菌率迅速下降,一般不到0.1%,但对病区扩展仍起重要作用。田间病株的枝叶残屑遇有湿度大的条件长出孢子借气流或风雨传播,侵染四周的健株。该菌可在种子内外存活5~8个月,病株残体内存活0.5~3年,无残体时可在棉田土壤中腐生6~10年。病菌的分生孢子、厚垣孢子及微菌核遇有适宜的条件即萌发,产生菌丝,从棉株根部伤口或直接从根的表皮或根毛侵入,在棉株内扩展,进入维管束组织后,在导管中产生分生孢子,向上扩展到茎、枝、叶柄、棉铃的柄及种子上,造成叶片或叶脉变色、组织坏死、棉株萎蔫。
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