梭条花叶病毒主要靠病土、病根残体、病田水流传播，也可经汁液摩擦接种传播。不能经种子、昆虫传播。传播媒介是一种习居于土壤的禾谷多粘菌。小麦梭条斑花叶病毒是一种小麦根部的专性弱寄生菌，本身不会对小麦造成明显为害。冬麦播种后，禾谷多粘菌产生游动孢子，侵染麦苗根部，在根细胞内发育成原质团，病毒随之侵入根部进行增殖，并向上扩展。小麦越冬期病毒呈休眠状态，翌春表现症状。小麦收获后随禾谷多粘菌休眠孢子越夏。
病毒能随其休眠孢子在土中存活10年以上。土温15℃左右，土壤湿度较大，有利于禾谷多粘菌游动孢子活动和侵染。高于20℃或干旱，侵染很少发生。播种早发病重，播种迟发病轻。