甘薯苗床管理就是要“保、促、控”相结合，就是保多苗、促全苗、控壮苗。要做到这几点，首先要确定适宜的排种时间和排种密度。在肥、水、气、温、光几项管理措施中，温度是关健。从排种到出苗以促为主，温度控制在35℃左右3～4天，可起到催芽防病的作用；出苗至采苗前3～4天，以控为主，温度在25℃～30℃；采苗前3～4天，揭去薄膜，把床温降至大气温度，促苗健壮。塑料薄膜育苗主要通过揭膜控制温度，露地苗床则要通过肥水管理控制温度。不论何种育苗方式，排种时浇一次透水，以后根据床土干湿情况适当浇水。
注意肥水过量、温度过高、床土带病带菌、薯块带病等都易引起烂床。薯块萌芽相对湿度在80～90%，床温避免长时间超过35℃、低于9℃，或者长时间停留在25℃左右，都易造成烂床。排种薯时用多菌灵和氧化乐果600～800倍溶液浸种5～10分钟消毒，杀灭薯块上黑斑病病菌。
使用剪苗技术。剪苗特别是高剪苗可以减轻薯苗甘薯黑斑病、甘薯茎线虫病等病原物的携带量，有效防止或减轻大田病害的发生。薯块携带的病菌会从块根缓慢向苗顶部移动，高剪苗减少了移栽用薯苗的带菌量。其次，剪苗比拔苗采苗量多，剪苗不破坏芽原基，拔苗容易带掉薯皮，带走了薯皮表面的潜伏芽，从而减少了出苗量，同时拔苗造成的薯皮破损，易感染病害引起烂床。另外，剪苗栽插后发根返苗快，新生根容易发育成块根，从而增加产量；拔苗的薯苗基部带有须根，这些根不容易形成薯块，又影响栽插入土节数，产量减低。