菇蚊：菇蚊有多种，幼虫常出没于潮湿的地方，喜食培养料及正在生长的菇类子实体。菇蚊对食用菌栽培危害大，还会因菇蚊的侵害造成食用菌的其它病变。
防止措施：搞好菇房内外卫生;严禁菇房内外堆放污物;门窗要安纱窗，防止外界进入;采用药物熏杀。
螨虫：俗称菌虱，形体微小，喜群居，颜色有白色，粉色，它们是食用菌的主要害虫。它们行动缓慢，多在培养料或菇类菌褶上产卵。菇床上发生菌螨后，菌袋菌丝先被虫咬，造成播种后不见菌丝萌发，咬断菌丝，致使菇蕾萎缩死亡，附在子实体上上下咬食，造成被咬部位变色，严重时出现孔洞，引起腐烂变质。
防治措施：保证场地清洁卫生;远离鸡舍，饲料厂等;温湿度适宜并保持空气清新;可采用药物熏杀。
线虫：线虫是一种低等动物，线虫种类极多，分布很广。危害食用菌的线虫，多数是腐生线虫，少数半寄生，只有极少数是寄生性的病原线虫，线虫即为害菌丝体，也为害子实体。
防治措施：菇房要清理消毒;堆料发酵或采用菌糠时加药物熏杀;菇房安装纱门纱窗，防止蚊、蝇侵入产卵滋生而成;保持菇房清洁卫生，注意通风。