水稻恶苗病的病菌在谷粒和稻草上越冬，次年使用了带病的种子或稻草，病菌就从秧苗的芽鞘或伤口侵入，引起秧苗发病徒长。带病的秧苗移栽后，把病菌带到大田，引起稻苗发病。当水稻抽穗开花时，病菌经风雨传到花器上，使谷粒和稻草带病菌，循环侵染为害水稻。
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