常用砧木品种为辣椒的野生种，如台湾的PFR-K64、PER-S64、LS279品系，是辣椒嫁接栽培专用砧木。甜椒类可用“土佐绿B”嫁接。有些茄子嫁接用砧木，如超抗托巴姆、红茄、耐病VF也可用于辣椒嫁接栽培。
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