病死动物体内带有大量致病微生物，如不及时进行无害化处理，任其腐烂发臭，不仅污染环境，严重的还容易引起人畜疫病的大流行。在处理过程中要做好消毒杀菌工作，防止对空气和水体造成污染。
病死动物尸体运送过程中的消毒措施是在装车前进行，将动物尸体各天然孔用蘸有消毒液的纱布、棉花严密填塞；尸体躺过的地方，应用3～5%烧碱液喷洒消毒，如为土壤地面，土地表面的土连同尸体要一起运走，对土地表层进行消毒处理；运送过尸体的用具、车辆用1：300强力消毒液或2～5%烧碱液消毒；工作人员的手套、衣物及胶鞋等用1：300强力消毒液进行消毒。