无籽西瓜种子破壳的方法可分为干籽破壳和湿籽破壳两种。干籽破壳工效高，但容易损伤种胚，且浸种时间和浸种温度难以掌握，影响发芽率的提高。湿籽破壳容易打滑，工效低，但浸种时间长短对发芽率影响小，易于掌握，发芽率较高而稳定。当前多以湿籽破壳为主。
湿籽破壳的具体方法是：浸种后，捞出进行多次搓洗直到种皮不滑溜为止。为了洗净种子表面的粘液，可用草木灰、锯末或细沙拌种子，用手搓洗后用清水冲洗2-3次，再用干净布擦去种子表面水分，用牙齿轻轻嗑一下种脐（和平时嗑食用瓜子一样），使其略开一个小口，嗑种时一定要轻，只要听到“咔嚓”一声即可。种皮开口不要过大，以防伤及种仁。也可以用老虎钳和指甲剪夹开。使用老虎钳时，为了控制其夹力，可在支点后端夹一块橡皮或橡皮管。