1 、注意产品质量
生产者在购买菌种时把好质量关，运输贮存过程中防止菌种污染老化；载体材料粉碎、消毒、接种及发酵、分装各生产环节必须严格按工艺操作要求进行；销售过程中要按菌肥保管条件要求保管，要配备使用说明书。使用者购买时，必须看清商标及有关正式生产审批手续等，防止伪劣产品冒充正式产品。
2 、生物菌肥要在有效期内使用
因为生物菌肥发挥作用的关键是产品中所含的活的微生物，所含有特定的微生物的数量达到规定标准，才会发挥增产增收效果。产品超过规定的有效期，活的微生物数量下降达到规定标准以下，杂菌数量大大增加，菌肥的施用效果就会受到影响。这样既影响了使用者的收益，又影响了企业的产品形象。
3 、要严格按产品使用说明书使用生物肥料
生物肥料在保管、使用的各环节都应尽量避免阳光直接照射，防止阳光中紫外线的杀菌作用。用菌肥拌种时，要加适量水或粘着剂湿润种子，加水过少或过多都不利于种子粘附生物肥料等。
4 、生物肥料的贮存保管保管温度要适宜
一般生物肥料适宜贮存温度为4-10℃，最好不要超过20℃。因此，没有低温贮存条件
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