谷瘟病菌可以侵害谷子的叶片、叶鞘、茎节、穗颈、小穗和穗梗等各个部分。主要症状是叶瘟、穗颈瘟和茎节瘟。
叶瘟:叶片被病菌侵害后，初产生绿色或褐色小点，以后发展为梭形斑，中央灰白色，边缘褐色具黄色晕圈。病斑较多时，常愈合成不规则大斑，严重时自叶尖开始干枯，造成叶片枯死。空气湿度大时，在病斑背面密生灰色霉层。
穗颈瘟:穗颈发病危害最严重。穗颈被侵染后初为褐色小点，后渐变为灰黑色长梭形斑，有时几个病斑可以连在一起。病穗稀松，通常不结籽或子粒变成砒糠。
茎节瘟:茎节瘟通常在低温多湿的地区发生。茎节上初出现褐色小病痕，后病痕逐渐扩展，环绕节部，并逐渐干枯和缩小，阻碍养分输送，影响灌浆结实，导致病穗干枯、疏松，子粒变成税糠。