魔芋在原产地适应生态环境而形成其生理休眠，休眠的深度和休眠期之长为作物中少有。一般从10—11月倒苗后开始到次年2—3月，长约5个月才能解除休眠。同一种魔芋的花芽与叶芽休眠期表现有所不同，如花魔芋的花芽球茎其休眠期短于叶芽球茎，而白魔芋的花芽与叶芽球茎相差不显著。不同种魔芋的花芽与叶芽球茎休眠期也不同，如白魔芋不论花芽球茎或叶芽球茎的休眠期均长于花魔芋，其原因在顶芽分化时期不同。花魔芋芽的花芽在倒苗进入休眠期之前分化已基本完全，翌年萌发较早，而其叶芽要待翌年春天球茎休眠苏醒后才开始继续分化成完全的叶芽，造成萌芽延后，而白魔芋不论其为花芽球茎或叶芽球茎，均休眠苏醒滞后，芽分化滞后，故而萌芽均晚于花魔芋。
球茎休眠期间一般不发生任何外部的形态变化，休眠期结束即进入生长活动期（休眠解除期）。如长江流域适生区，在3月下旬播种种芽，当时已解除休眠，因温度已达到15℃左右，顶芽分生组织便开始活动分化，续而出现外部形态的变化。
处于休眠期的魔芋，在实际生产上有两方面的用途：一是直接作为商品魔芋用于加工；二是用作种芋以便进行来年播种。用作种芋的魔芋在越冬贮藏的过程中一定要注意不要其受伤害，防冷害和冻害，确保种芋安全越冬。