微生物肥料与无机复合肥混合施用，可明显提高化肥利用率10%-15%，节省20%左右的化肥用量。在无公害农产品生产中，采用有机肥料、无机肥料与微生物肥料相结合的施用方法，改变了传统农业生产向有机农业生产方式过渡，从而实现高产、优质、高效、低耗的目标。
三、微生物肥料的应用长期以来，人们对微生物肥料的作用有不同的看法：一种认为微生物肥料可以替代化肥;另一种则认为根本不能替代化肥。科学地讲，微生物肥料与化学肥料是不能对立的，二者具有很强的互补性，单一长期施用微生物肥料或化肥，都不能达到理想的效果。在无公害农产品生产中，二者有机结合，混合施用，具有良好的发展前景。
具体应用中还需注意以下问题：
一是购买微生物肥料前应向销售单位索取产品的各项指标说明资料和已购产品的检测报告，明确产品的特点、功效、作用和施用方法，并阅读注意事项，以求正确施用，增产增效。
二是微生物肥料在贮运时要避免日晒雨淋，宜放置在相对恒温、干燥处，切忌反复冻融和曝晒。
三是微生物肥料在施用过程中避免与强杀菌剂、种衣剂、化肥或复混肥混合后长期存放，以免降低施用效果
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