大蒜菌核病菌核薄片状或豆瓣状,大小3~18毫米,黑色,表皮光滑,切片外层细胞黑色,内层具无色菌丝交织,萌发时菌核上长出子囊盘1~14个,多为4~5个,盘柄棕黄色,平滑;子囊盘浅红褐色,直径0.4~8毫米,子囊和侧丝整齐地排列在子囊盘上。子囊圆柱形,基部细狭,大小170~242×7~16微米,内含长椭圆形的子囊孢子8个,子囊孢子具隔,无色,两端钝圆,大小12~20×7~10微米。
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