百合根腐病由尖孢镰孢、串珠镰孢和茄病镰孢等单独或复合侵染所致，主要以尖孢镰刀菌为主，为土传性病原真菌病害。病原菌主要以菌丝体在种球内，或以菌丝体、厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，成为翌年的主要初侵染源。
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