一、秧苗子叶带壳出土
防治方法：播前底水要浇透灌足，播后穴盘中的种子必须覆盖1厘米厚基质，并用平板轻压穴盘表面。从播种到出苗，穴盘表面必须覆盖地膜，保温保湿，如出苗后出现种皮包裹子叶的情况，必须及时覆盖基质并在早晨或下午用喷壶补水，使种皮湿润后自行脱落。
二、徒长苗
防治方法：要精量播种，穴盘每穴点播1粒种子，出苗后及时间苗分苗，每穴1棵幼苗；幼苗出齐后控制温度，喜温果菜类夜间气温控制10-15℃，白天维持25-26℃。据实验，番茄秧苗在趋向徒长时，每平方米床面喷洒1公斤100毫克/公斤（1kg100×10-6）浓度的矮壮素溶液，10天后叶色即转浓绿，茎变粗壮，其抗逆性也明显增强。
三、老化苗
防治方法：改控苗为促苗，给秧苗适宜的温度和水分条件，促进秧苗迅速生长。适当蹲苗，严格控制农药施用浓度；基质中的水分要干湿适中，防止水分过多而导致缺氧烂根，提高根系活力；此外，及时喷洒10-30毫克/公斤浓度的赤霉素溶液，1周后能长出新枝，在喷药的同时改善秧苗的生长条件，才能恢复正常生长。
四、烧根
防治方法：无土育苗必须用规范的营养液配方，不可随便改变营养液的组成与浓度，不能随意更换配制营养液所用的化肥种类，更不可用铵态氮肥料代替硝态氮或尿素态氮肥料。在育苗过程中，应浇2-3次营养液后浇1次清水，避免基质内盐分浓度过高
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